Het was aan abt Odo van Cluny te danken dat de invloed van de abdij groeide. Odo legde de nadruk op de strikte naleving van de regel van Benedictus in de variant van Benedictus van Aniane. Er werd vooral nadruk gelegd op het eerste deel van die regel, Ora et labora en bijgevolg werd een strikte kloosterdiscipline opgebouwd. Daarnaast deed de orde aan liefdadigheid. Men hechtte er veel belang aan de dodencultus en leken konden er missen laten opdragen voor hun dierbare overledenen.

Tegelijkertijd ontwikkelde zich in dezelfde geest de romaanse bouwkunst, gekenmerkt door de tongewelven die een goede akoestiek boden voor de religieuze zang.
Onder het abbatiaat van Odo werden honderden kloosters onder Cluny gesteld. De abt van Cluny was de overste over allen, maar aan het hoofd van elk van de dochterkloosters werd een prior aangesteld.
De abdij verrijkte zich door de eerder genoemde dodencultus en door de reliekverering die Cluny tot een zeer geliefd doel voor pelgrimage maakte.

Dankzij de toenemende welvaart van het klooster konden het klooster en de kloosterkerk steeds weer worden verfraaid en vergroot. Dit heeft er toe geleid dat in Cluny achtereenvolgens drie kerken hebben gestaan die steeds moesten wijken voor hun opvolger.
De laatste kerk was een zeer grootse kerk, een van de mooiste bouwwerken uit die tijd. Het schip van de kerk had aan beide zijden twee zijbeuken. Aan de kruising was het koor verbonden met een kooromgang, waarbij om de kooromgang vijf kooromgangkapellen waren gebouwd. Bovenop de kerk waren acht torens gebouwd, twee boven de narthex, een vieringtoren, twee torens boven de beide transepten, twee kleine torens naast de zijbeuken en de transepten en een toren boven het koor. De hele kerk was rijkelijk versierd.

Het klooster werd in 1790 opgeheven, waarna de kerk van Cluny grotendeels werd vernietigd tijdens de Franse Revolutie. Tegenwoordig is alleen nog een deel van het transept met twee torens over.